妈祖庙位于蜈支洲岛上，是海南最古老的庙宇之一。渔人虔诚供奉航海保护神妈祖，妈祖冥冥中世代护佑着渔人的平安。古朴斑斓的庙堂，燃一柱香，许一个沉默的愿，怀想悠远的岁月往昔。据说是供奉中国汉字的创造者仓颉。清朝政府倒台后，庵堂无人管理，渔民不知所供何神，遂推倒重塑航海保护神妈祖。原建庙宇早已坍塌破败，1993年岛屿的开发建设者又将其重建。

妈祖庙的传说：

相传清代有位名叫吴华存的道人，遍游海南诸岛访炼丹修身之处，最终看中了蜈支洲岛的风水，欲占此岛结庐而居。此事被当时的崖州知府获悉，也来此岛，果见小岛风光和风水具佳，认为这块宝地不应为个人所有，理应造福众人。于是制止吴道人的行为，由州府集资于1898年在岛上建一庵堂，取名“海上涵三观”。